- Фонды Морского музея начали пополняться многими интересными предметами. Среди них были личные вещи, принадлежавшие основателю Российского флота, императору Петру Великому, прославленным адмиралам и офицерам, произведения живописи и графики, образцы холодного и огнестрельного оружия.
- Корабельный фонд.Музей обладает одной из богатейших в мире коллекций моделей кораблей, не уступая британскому Национальному морскому музею в Гринвиче. В модельной коллекции ЦВММ достаточно полно представлена история российского военного кораблестроения. Несомненными жемчужинами коллекции являются ботик Петра I и модели кораблей в масштабе 1:12. В фондах музея представлены модели кораблей неосуществленных проектов. Уникальность таких моделей в том, что корабли, которые они изображают, никогда не были построены и эти модели ныне являются одним из самых информационных источников, рассказывающих о неосуществленных замыслах кораблестроителей.
- Оружейный фонд
Музей гордится старинной русской пушкой — 2-фунтовой медной пищалью, отлитой Семеном Чугункиным в 1618 году, 3-фунтовой пушкой, отлитой также из меди мастером Иосифом Тимофеевичем в Глухове в 1692 году, и рядом других редких предметов. В фонде хранится богатая коллекция артиллерийского и минно-торпедного оружия XIX-XX веков.
- Фонд изобразительного искусства
Коллекция живописи, графики и скульптуры содержит свыше 59 000 произведений. Музею принадлежат живописные полотна русских художников: И. К. Айвазовского, А. П. Боголюбова, А. К. Беггрова, А. П. Брюллова, Л. Ф. Лагорио и других; европейских художников Ф.-В. Перро, Н.- М. Конди, Я.-Ф. Хаккерта, Л. О. Премацци; скульптурные работы М. М. Антокольского, П. К. Клодта, М. О. Микешина, И. С. Пименова. Значительно также собрание гравюр петровского времени. Оно содержит произведения таких известных граверов как Алексей и Иван Зубовы, Алексей Ростовцев, Адриан Шхонебек, Питер Пикарт. Весьма обширно собрание произведений графики. В фонде хранятся представляющие большой интерес альбомы рисунков, акварелей и хромолитографий. Обширна коллекция плакатов периода русско-японской войны 1904-1905 годов русских и зарубежных (японских), и советской эпохи.
